커피전문점을 경영하는 부모님과 언니, 오빠, 사이좋은 친구들과 함께 평범하게 살아가던 초등학교 3학년생 다카마치 나노하.
그러나 우연히 ‘다른 세계에서 온 소년’ 유노를 만나면서, 자신의 몸 속에 엄청난 ‘마법의 힘’이 있음을 깨닫게 된다. 이 만남으로 인해, 나노하는 이쪽 세계에 흩어져버린 다른 세계의 유산 ‘쥬얼시드’를 찾아내 봉인할 수밖에 없는 처지가 되고 만다. 결국 나노하는 유노를 돕고, 자기가 사랑하는 사람들을 괴물로부터 지키기 위해 ‘낮에는 초등학생, 밤에는 마법소녀’의 이중생활을 시작하고, 마법소녀로서의 새로운 삶에서 많은 사람들을 만나고, 고민하고, 우정을 쌓아가며 조금씩 성장해간다.
